As colecções que integram o Museu da Música Portuguesa resultaram da actividade das suas duas figuras tutelares, de que são efectivamente reflexo, e de uma política de incorporação, que tem como principais objectivos complementar o espólio existente, actualizar os fundos recentes e aumentar o acervo por meio de integração de novos espólios representativos do Património Musical Português. Exemplo  disto é a recente aquisição da biblioteca de  música portuguesa do Maestro Álvaro Cassuto, que inclui títulos dos séculos XVII a XX.

A reunião destes  espólios  deu  origem  às  várias  colecções  do  Museu,   que  estão organizadas de acordo com a seguinte tipologia:

Colecção Museológica, que inclui a colecção de instrumentos musicais populares portugueses organizada por Michel Giacometti, a que se juntaram posteriores aquisições do museu, doações e os dois pianos de Fernando Lopes-Graça, uma colecção de objectos etnográficos e uma colecção de artes plásticas e decorativas, onde se integram a colecção de quadros e objectos pessoais do Fundo Lopes-Graça, o mobiliário histórico e estatuária da Casa Verdades de Faria, assim como o seu património integrado - azulejos, frescos e cantarias.

Colecções Documentais e Bibliográficas que  reúnem as bibliotecas pessoais de Fernando  Lopes-Graça,  Michel Giacometti e Álvaro Cassuto, uma  partoteca, um  diversificado  conjunto  documental com os autógrafos musicais de Lopes-Graça, documentos manuscritos, os  respectivos  dossiers  de imprensa, uma imensa documentação da recolha de campo do Michel  Giacometti, um  conjunto epistolar riquíssimo, e  uma  colecção  de  fotografias que relatam a vida e obra de Lopes-Graça, assim  como  um imenso espólio  do levantamento  de  Giacometti. Os  documentos  áudio e vídeo  englobam algumas gravações de campo de Giacometti, discografia, vídeo, além dos 37 episódios da série Povo que Canta.

As colecções apresentadas estão disponíveis para consulta no Centro de Documentação do Museu. No futuro, no âmbito da informatização deste acervo para a Rede de Bibliotecas, Arquivos e Museus Municipais,  pretende disponibilizar-se parte da informação existente em bases de dados da especialidade.